С восшествием на российский престол в 1762 г. императрицы Екатерины II власти пришли к пониманию необходимости учёта интересов мусульманских подданных, численность которых с присоединением новых территорий значительно возросла. Россия расширяла влияние на населённые мусульманами регионы, вела войны с крупнейшей мусульманской страной — Османской Турцией. В таких условиях российской короне была необходима лояльность своих мусульманских подданных, однако добиться этого при сохранении старой политики не представлялось возможным.

В 1764 г. была распущена Новокрещенская контора. 17 июня 1773 г. был издан указ «О терпимости всех вероисповеданий», позволивший мусульманам строить мечети, открывать начальные и средние школы. В 1787 г. в типографии Академии наук в Санкт-Петербурге по приказу Екатерины II был издан полный арабский текст Корана для бесплатной раздачи мусульманам. По своему качеству книга превосходила все европейские издания того времени.

22 сентября 1788 г. по указу Екатерины II было создано Духовное собрание магометанского закона — не имеющий аналогов в исламском мире орган, призванный контролировать мусульман внутренних районов Российской империи. С 1846 по 1917 г. оно называется Оренбургским магометанским духовным собранием (ОМДС), хотя располагается в Уфе. Для управления делами мусульман на окраинах империи также были учреждены Таврическое магометанское духовное правление в Симферополе и два духовных правления в Закавказье (шиитское и суннитское).

Согласно Уставу ОМДС, возглавлял структуру председатель (муфтий), который назначался правительством. Его советниками и заместителями были три кади, которые назначались министром внутренних дел по представлению муфтия. В период правления Александра I был издан указ об образовании Министерства духовных дел и народного просвещения. В документе отмечалось, что муфтий избирается мусульманской общиной. Это положение вошло в устав Департамента духовных дел и иностранных исповеданий (1836), но не соблюдалось вплоть до 1917 г.

Привлечение мусульман к сотрудничеству позволяло с течением времени снимать наложенные прежде ограничения. В 1800 г. были сняты запреты на издание в России исламской литературы. В Казани, куда был передан арабский шрифт из Санкт-Петербурга, развернулось активное издание мусульманской религиозной литературы, в первую очередь Корана.

Российская империя с успехом использовала подданных исламского вероисповедания для продвижения своих интересов в Средней Азии. Предоставив мусульманским купцам льготы на торговлю, имперские власти стремились максимально усилить их заинтересованность в умиротворении местных мусульман и укреплении здесь позиций государства. Такая политика была весьма дальновидной, хотя и вызывала критику православных миссионеров, недовольных ростом в регионе татарского культурного и религиозного влияния. Однако впоследствии царское правительство лишило татар прав заниматься предпринимательской деятельностью и владеть недвижимостью в среднеазиатских областях.

Мусульмане также широко привлекались на военную службу. В армии и на флоте были учреждены должности, призванные духовно воспитывать солдат и офицеров, исповедующих ислам: это были полковые муллы, ахунды и муэззины. Всем им выплачивалось жалованье из государственной казны. Специально для мусульман были адаптированы воинские награды Российской империи.