После распада Золотой Орды в XV веке на огромной территории от Польши до Западной Сибири возникли разрозненные государственные образования, среди которых были татарские ханства — Крымское, Казанское, Касимовское, Астраханское, Тюменское (позже Сибирское), а также Большая и Ногайская Орды.
Татарские правители отчётливо понимали свою принадлежность к мусульманскому миру, в ханствах существовала разветвлённая система религиозных учреждений. Так, только в Крыму функционировала 21 тысяча соборных и квартальных мечетей. При многих мечетях действовали учебные заведения, общественные библиотеки. К середине XVI века в казанском Кремле было не менее пяти мечетей, при которых существовали учебные заведения.
В ханствах существовала сложная иерархия улемов. В Казанском ханстве глава духовенства избирался из числа сейидов (потомков Пророка Мухаммада). В Крымском ханстве во главе богословов стоял ханафитский шейх-уль-ислам. Религиозные деятели принимали активное участие в решении государственных вопросов, включая определение претендента на ханский престол. Участие в посольских миссиях и занятие государственными делами требовали от них высокого уровня знаний не только в шариатских, но и в других науках. Известно, что последний верховный сейид Казанского ханства Кул-Шариф хорошо разбирался в астрономии, истории, военных и государственных делах, был талантливым писателем и поэтом.
Ислам в мусульманских государствах Поволжья, Приуралья и Сибири имел свои особенности. Традиционно наибольшее распространение имела ханафитская религиозно-правовая школа, но наряду с ханафитами были приверженцы и других суннитских мазхабов. Во многих областях широкое распространение получил суфизм, имевший среднеазиатские (Поволжье) или персидские (Крым) корни. Последователи разных тарикатов занимали заметное место в религиозной и социально-политической жизни ханств. Об этом говорит хотя бы тот факт, что ханские ярлыки обращались наряду с государственными деятелями к «шейхам и суфиям».
В Сибири распространение мусульманской веры продолжалось на протяжении нескольких веков. Местные жители впервые узнали об исламе через булгарских купцов и проповедников, которые внесли огромный вклад в возникновение здесь мусульманской общины. Процесс обращения в ислам усиливается в эпоху правления золотоордынского хана Узбека и завершается в XV веке, в период правления хана Кучума, который пригласил богословов из Средней Азии для преподавания шариатских наук. Вместе с тем, некоторые татарские роды, проживавшие вдали от ханской столицы, остались при своей старой вере. После 1394–1395 гг. с юга в Западную Сибирь переселились новые группы тюрков, не исповедовавших ислам. В силу этих причин в регионе сохранили заметное влияние традиционные доисламские верования, особенно тенгрианство, отражающее космогонические представления древних тюрков.
Продолжая традиции Волжской Булгарии и Золотой Орды, татарские ханы поддерживали среди своих подданных веротерпимость и не поощряли насильственное обращение в мусульманство, чему в немалой степени способствовал высокий уровень развития торговли в городах.