11 шабана 358 года от Хиджры (30 июня (5 июля) 969) фатимидский полководец Джаухар ас-Сакали вступил в Фустат, положив конец правлению династии Ихшидидов в Египте. Спустя шесть дней после этого на правом берегу Нила был основан город Каир, ставший столицей государства Фатимидов и сохранявший за собой статус важнейшего политического, экономического и культурного центра исламского мира вплоть до завоевания Константинополя османами. В месяце джумада аль-уля 359 года в Каире был основан один из старейших университетов мира, позднее получивший название Аль-Азхар и ставший символом мусульманской науки.

За свою историю Каир "поглотил" несколько городов разных эпох. Выгодное стратегическое положение на пересечении караванных путей, соединявших Южную Европу и Западную Африку, способствовало превращению города в важный торговый центр уже на раннем этапе его истории. Современный пригород Каира «Новый Египет» расположен вблизи одного из древнейших городов страны — Гелиополя, упомянутого в Библии. Гиза, которая в древности была северным кладбищем Мемфиса и прославилась своими пирамидами, сегодня представляет собой западную (левобережную) часть Каирского мегаполиса. На правом берегу Нила сохранились две мощные башни, которые в далеком прошлом были частью крепости Вавилон, построенной римлянами во II веке н. э. и расширенной по приказу императора Флавия Аркадия в IV веке. Согласно преданиям, более ранняя крепость на этом месте была воздвигнута еще во времена египетского царя Сесостриса или, что более вероятно, персидского царя Камбиса II.

Так или иначе, но у развалин древнеримской крепости начинается история нынешнего Каира. После завоевания Египта в 641 году вблизи от нее был основан военный лагерь Фустат, ставший административным центром новой провинции Халифата. Александрия, которая была столицей Египта со времен Александра Македонского, была уязвима со стороны моря, и поэтому было принято решение перенести столицу вглубь страны. Основателем города считается выдающийся полководец и сподвижник пророка, мир ему и благословение Аллаха, Амр ибн аль-Ас, имя которого носит построенная здесь старейшая мечеть на континенте. Новый город больше походил на поселение оседлых арабов и был разделен между племенами, которые участвовали в военном походе. Пограничные участки между жилищами разных племен поначалу оставались ничейными, но со временем были застроены. О значении города в политической и экономической жизни региона свидетельствует уже тот факт, что город стали именовать арабским названием Египта «миср». В частности, арабский путешественник XII века Ибн Джубайр применяет это название к кварталам, располагавшимся между мечетью Амра ибн аль-Аса и правым берегом Нила.

Дальнейшее расширение столицы связано с именем аббасидского наместника Египта Салиха ибн Али, который перенес свою резиденцию к северо-западу от Фустата. Однако застраиваться новый район, получивший название Эль-Аскар, стал только после назначения наместником Египта ас-Сари ибн аль-Хакама. В период правления Тулунидов город продолжил расти в северо-восточном направлении, и резиденция правителя была перенесена в Эль-Каттаи. Этот район получил такое название потому, что земли в нем были поделены (катаа) между арабами, греками, нубийцами и другими группами. По приказу Ахмада ибн Тулуна здесь была построена большая мечеть, которая сохранилась до наших дней. Однако процветала столица Тулунидов недолго, и в 904 году после поражения от аббасидской армии Эль-Каттаи был предан огню. По словам египетского историка Таки ад-Дина аль-Макризи, город был буквально стерт с лица земли.

При Ихшидидах, которые уделяли большое внимание развитию города, Фустат переживал экономический и социальный подъем. В городе была построена судостроительная верфь, процветали ремесла и торговля. Абу Бакр аль-Ихшид любил проводить время с улемами и поэтами и щедро вознаграждал их. В тот период в Фустате преподавали такие выдающие улемы, как Абу Исхак аль-Марвази и Абу Саид Абдуррахман ибн Ахмад ибн Юнус, отец знаменитого астронома Абу аль-Хасана ибн Юнуса. В городе были построены дворцы, мечети и поликлиники, разбиты чудесные парки. Но после смерти в 968 году нубийца Кафура, который был регентом при двух сыновьях аль-Ихшида, а потом сам стал полновластным правителем, Египет практически не оказал сопротивления Фатимидам. Несмотря на то, что последние исповедовали шиизм исмаилитского толка, фатимидский военачальник Джаухар ас-Сакали гарантировал суннитскому населению свободу вероисповедания и добился их повиновения.

После завоевания Египта Джаухар ас-Сакали отправил своему фатимидскому халифу ал-Муиззу великолепные дары. Кадий Рашид ибн аз-Зубайр в своей «Книге сокровищ и даров» упоминает среди них "99 породистых лошадей и 21 плащ и попоны из парчи, тканной золотом, и золотые пояса, украшенные жемчугом, и 120 верблюдиц с парчой, украшенной изображениями птиц, и сосуды, отделанные серебром, и 500 бедуинских верблюдов, и 56 призовых лошадей, и 48 верховых животных, из них одна самка мула и 47 коней, а на них парчовые расписные попоны и седла с различными украшениями из золота и серебра, покрытого золотом, и некоторые их уздечки из золота, а некоторые из серебра, и два больших ствола в виде самых длинных мачт, какие только бывают".

Однако Джаухар не был уверен в прочности своего успеха и опасался вторжения аббасидской армии. Поэтому сразу после покорения египетской столицы он начал строительство хорошо укрепленного города к северу от Фустата, у подножия горы Мукаттам. Поначалу новый город собирались назвать Эль-Мансурия, но позднее он был назван Каиром (Победоносный). Арабский географ X века Ибн Хаукаль в «Книге путей и стран» пишет: "И возвели магрибинцы за Фустатом город, который они назвали Эль-Кахира; основал его Джаухар, глава людей Магриба, при вступлении своем в Фустат, для своего войска, сподвижников и приближенных. И были построены кварталы и рынки, и появились частные здания, и [люди стали] пользоваться банями и постоялыми дворами, [протянувшимися] до построенных дворцов, и приготовлены были развлечения. И окружен был он крепкой и высокой стеной, втрое большей, чем сооруженная там [ранее], а за нею — пустырь, оставленный на случай необходимости для [выпаса] скота".

Описание дальнейших событий мы находим у арабского географа и дипломата XVI века аль-Хасана ибн Мухаммада аль-Ваззана, известного как Лев Африканский: "Предместья и жилища этого города, и внутри и вне его стен, увеличиваясь изо дня в день, настолько разрослись, что подобного ему не найти во всем остальном мире. Джаухар, видя, что багдадский халиф не делает никаких приготовлений к битве против него, известил своего синьора, что все завоеванные области выразили ему повиновение, что установлен мир, обеспечены хорошая защита и охрана. Поэтому, если его благоденствию покажется возможным переехать собственной персоной в Египет, то для завоевания оставшихся стран его присутствие имело бы большее значение, нежели сотни тысяч воинов, и послужило бы причиной того, что багдадский халиф бежал бы, оставив звание и власть повелителя правоверных. Когда эти прекрасные и благородные увещания достигли ушей синьора, он, совсем не раздумывая о том, что дурное может отсюда произойти, и преисполнившись гордости от своей второй удачи, снарядил большое войско и отправился в путь, оставив правителем и главнокомандующим всей Берберии вождя из народа санхаджа, который был не только его другом, но и слугой всего его дома. Неожиданно прибывший в Каир халиф был почтительно принят его рабом".

Аль-Муизз вступил в Каир в июне 972 года и остановился во дворце, который Джаухар построил специально для него. Торжественный въезд в город фатимидского халифа красочно описывает арабский историк Ибн Зулака: «В каирскую цитадель тогда уже были перевезены все сокровища и казна из Махдии. В середине рамадана аль-Муизз сел на золотой трон, сделанный для него Джаухаром, в новом портике и призвал шарифов (потомков Али), а затем прочих знатных людей; представлял их ему поочередно Джаухар. Затем Джаухар преподнес ему подарки, которые все видели. Среди этих подарков были сто пятьдесят лошадей, осёдланных и взнузданных, причём некоторые уборы были разукрашены золотом, драгоценными камнями, амброй; тридцать один павильон для двугорбых верблюдиц, из атласа, с перевязями и коврами, причём девять из них были сделаны из тяжелого атласа; тридцать три мула, из которых семь были осёдланы и взнузданы; сто тридцать вьючных мулов; девяносто дромадеров; четыре филигранных сундука, содержимое которых было видно, с золотыми и серебряными сосудами; сто мечей, украшенных золотом и серебром; два ящика из чернёного серебра, наполненные драгоценными камнями; усыпанная драгоценными камнями шапочка в футляре; девятьсот корзин и ящиков с остальными египетскими диковинками».

Став столицей Фатимидского Халифата, Каир быстро поглотил разросся, "поглотив" Фустат и другие соседние поселения, и превратился в один из важнейших городов исламского мира. Политическое противостояние Каира и Багдада закончилось в пользу последнего в 1171 году, когда после смерти фатимидского халифа аль-Адида его визирь Салахуддин аль-Аюби стал полновластным правителем Египта и признал верховную власть Аббасидов. Однако по иронии судьбы именно Каир стал новым домом для потомков Аббасидов после того, как в 1258 году монголы положили конец Багдадскому халифату.