В девяностых годах прошлого века на территории России активизировалась деятельность всех религиозных конфессий, включая ислам. Очевидными показателями повышения интереса мусульманских народов к их духовной культуре были регистрация религиозных общин, выпуск мусульманской периодики, строительство мечетей и медресе. До революции на территории Российской империи насчитывалось около 12 тысяч мечетей. В 1991 г. в России действовало 870 зарегистрированных мечетей, а в 2006 г. — уже около 8 тысяч. В настоящее время в ряде регионов число мечетей превысило дореволюционный показатель. Больше всего их действует на Северном Кавказе, в Татарстане и Башкортостане. Мечети превратились в духовные центры распространения ислама. Вокруг них создаются молодёжные, женские, благотворительные и прочие мусульманские общественные организации.

Российские мусульмане пока не имеют единого духовного центра. Совершенствование законодательства в сфере религии привело к изменениям в исламских управленческих структурах. Социальными предпосылками этих изменений стали этническая неоднородность, различный уровень образования, разные обычаи и традиции народов России, исповедующих ислам. Сегодня в стране насчитывается свыше сорока самостоятельных Духовных управлений мусульман. В последние годы мусульманские организации России объединились вокруг трёх центров: Совета муфтиев России (Москва), возглавляемого муфтием Равилем Гайнутдином, Центрального Духовного управления мусульман России (Уфа) во главе с муфтием Талгатом Таджуддином и Координационного центра мусульман Северного Кавказа. И хотя ислам не предписывает обязательной духовной иерархии, существование в Москве единого мусульманского центра могло бы повысить эффективность взаимодействия светского государства и верующих.

За последние десятилетия мусульманские страны создали целый ряд влиятельных международных организаций, активно действующих во всех регионах мира. В России в 1990-е годы было создано и действовало более шестидесяти международных общественных исламских организаций. Международные исламские организации ведут большую культурную и религиозно-просветительскую работу, оказывают многостороннюю помощь мусульманской общине России. Некоторые из них, используя свои финансовые возможности, пытаются в той или иной степени контролировать деятельность отдельных региональных общин в России, усиленно стимулируют социально-политическую и религиозную активность российских мусульман. Наиболее активными являются международные организации из Саудовской Аравии, Ирана, Турции, Кувейта, Пакистана.

Многофакторный характер исламского возрождения в современной России имеет различные последствия. Позитивное значение имеет возрастание активности ислама в области благотворительности и духовно-нравственного воспитания верующих. Как традиционная для России религия ислам содействует социальной стабильности, укреплению семьи, общечеловеческих духовно-нравственных ценностей. Негативные социальные последствия имеет активизация так называемого «политического ислама» в России. Политизация ислама, чуждая традиционному пониманию его основ, подпитывает радикальные настроения в религиозных общинах, способствует распространению экстремизма и ослабляет складывавшиеся веками устои веротерпимости и мирного сосуществования мусульманских народов и их соседей.