22 раджаба 690 года от Хиджры (21 (28) июля 1291) войска мамлюков под командованием эмира Санджара аль-Халаби овладели Бейрутом. Успешная кампания египетского султана аль-Ашрафа Халиля ибн Калауна против франков началась весной 1291 года с осады Акры и завершилась 14 августа освобождением замка тамплиеров Шастель-Пелерен. Падение последнего государства Латинского Востока стало тяжелейшим ударом по католической церкви, которой в тот период едва удавалось поддерживать баланс сил в Европе. Римский папа Николай IV, не выдержав психологического давления, на следующий год скончался, а после его смерти папский престол оставался вакантным 27 месяцев.
В эпоху латинских завоеваний на Ближнем Востоке Бейрут не имел стратегического значения, поскольку главным торговым городом Восточного Средиземноморья была Акра. С момента вхождения в Халифат Бейрутом правили выходцы из Йемена, но в мае 1110 года город был захвачен крестоносцами и передан королём Иерусалима Балдуином I своему родственнику Фульку де Гинесу. Бейрут стал столицей одноимённого лордства, занимавшего узкую полосу средиземноморского побережья. При крестоносцах значение города возросло, а местные лорды даже имели собственных вассалов.
Первая попытка овладеть Бейрутом была предпринята султаном Салахуддином аль-Аюби в августе 1182 года. Правитель Египта стремился отделить графство Триполи от Иерусалимского королевства, но безуспешно. Пять лет спустя город пал после восьмидневной осады, но недолго оставался под контролем мусульман. В сентябре 1197 г. король Кипра Амори I де Лузиньян снова овладел крепостью, а через месяц после этого события женился на Изабелле Иерусалимской, дочери Амори I Иерусалимского от второго брака, которая имела право на иерусалимский престол. В результате Амори де Лузиньян стал королём Иерусалима Амори II. Его потомки из династии Ибелинов восстановили разрушенные укрепления Бейрута и способствовали бурному развитию города.
После прихода к власти в Египте мамлюков Бейрут сохранял независимость лишь благодаря дипломатическому таланту Изабеллы Ибелин. Она стала править городом после того, как в 1264 году скончался ее отец. В 1269 году Изабелла заключила 10-летнее перемирие с султаном Бейбарсом. В 1272 году она вышла замуж за валлийского дворянина Хаймо Лестранжа, но их брак оказался недолгим (муж умер в 1273 году). На смертном одре он неожиданно передал Изабеллу и лордство Бейрут под покровительство султана Бейбарса. Кипрский король Гуго III попытался насильно вывезти её на Кипр, чтобы выдать замуж за какого-нибудь уважаемого рыцаря и тем самым укрепить позиции франков на Ближнем Востоке. Однако Изабелла оказала сопротивление и получила поддержку со стороны как султана Бейбарса, так и тамплиеров. Дело рассматривал Высший суд Иерусалима, и оно вылилось в политический диспут о том, кто должен быть сюзереном госпожи Бейрута — мусульманский султан или король-крестоносец. Суд вынес решение в пользу султана, и охрану Изабеллы стали осуществлять мамлюки. Поскольку Изабелла была бездетной, после её смерти в 1282 году новой госпожой Бейрута стала её сестра Эшива. Мирный договор с мамлюкским султаном Сайфуддином Калауном от 1285 года способствовал дальнейшему росту и процветанию города.
Ситуация кардинально изменилась в 1290 г., когда султан скончался, а его сын Халиль ибн Калаун решил нанести окончательный удар по крестоносцам. После освобождения Акры, столицы Иерусалимского королевства, он приказал опытному военачальнику Санджару аль-Халаби осадить город Тир. Узнав о приближении мусульманской армии, бейлиф Адам де Кафран сбежал на Кипр, и мусульмане без боя овладели городом. В конце июня мамлюкская армия подошла к другой важной крепости — Сидон, где укрывался великий магистр ордена тамплиеров Теобальд Години. Вскоре он последовал примеру Адама де Кафрана и отплыл на Кипр с сокровищами тамплиеров, и деморализованные рыцари сдали город. Наступил черёд Бейрута, в котором дислоцировался малочисленный гарнизон крестоносцев. Эшива Ибелин полагалась на мирный договор, заключённый с прежним султаном Сайфуддином Калауном. Но именно вероломство франков, учинивших погромы и убийства в мусульманском квартале Акры, стали поводом для вторжения мамлюков в Палестину, и поэтому эмир Санджар сразу же заключил под стражу командиров гарнизона. Рыцари и городская знать во главе с Эшивой поспешили покинуть Бейрут, который вскоре был занят мамлюками. Санджар аль-Халаби приказал сровнять с землёй крепостные стены и разрушить замки, после чего превратил кафедральный собор в мечеть.
Через неделю после непродолжительного сопротивления сдалась Хайфа (31 июля), спустя еще несколько дней — порт Тартус (3 августа) и замок Шастель-Пелерен (14 августа). Остатки крестоносцев, не пожелавшие перебраться на Кипр, нашли убежище на небольшом острове Арвад, которым египетская армия овладела в 1302 году. Так завершилась эпоха крестовых походов, продолжавшаяся два столетия. Как сказал историк, на алтарь священной войны были брошены громадные человеческие и материальные ресурсы. Были пролиты реки крови и море слез, принесены несметные жертвы и испытаны тяжелейшие лишения. Но все эти невероятные усилия ушли в палестинский песок. Крестовые походы окончились крахом и надолго отвратили народы Европы от идеи освобождения Святой земли.
