Развитие мусульманской экзегетики протекало параллельно с эволюцией представлений о существовании у священного текста явной (зāхир) и скрытой (бāтын) стороны. В одном из преданий (недостоверных с точки зрения традиции) говорится: «У каждого аята есть внешняя и внутренняя сторона, и у каждого xарфа есть грань, и для каждой грани есть знающий». И хотя в мусульманских источниках нет надёжных хадисов на эту тему, восходящих к Пророку Мухаммаду, мир ему и благословение Аллаха, до нас дошли изречения некоторых сподвижников и тāби о многогранности Корана и возможности углубления в его тайны. Например, передают со слов Ибн ‘Аббаса: «В Коране есть стороны и искусства, явные и скрытые. Их чудесам нет конца, и предела их не достичь. Кто углубляется в них осторожно — спасётся, а кто обходится с ними грубо — погибнет».
Ранние комментаторы остерегались толковать аяты без убедительных аргументов и вопреки их очевидному смыслу, а некоторые из них и вовсе молчали, когда речь заходила о скрытом смысле откровений. Рассказывают, что известный мединский тāби Са‘ид ибн аль-Мусаййиб, один из наиболее знающих людей своего времени, говорил только об очевидном смысле Корана, а, когда его расспрашивали о большем, умолкал, словно не слышал вопроса. Среди тāби к комментариям, основанным на умозрительных доводах, чаще других прибегал ‘Икрима ибн ‘Абдаллах, что вызывало неодобрение многих его современников.
Первыми последовательными сторонниками эзотерического истолкования Корана были мутазилиты — приверженцы крупного направления в калāме, зародившегося в Ираке в первой половине VIII в. Руководствуясь рационалистическими посылками, они отрицали реальность и извечность божественных качеств, отрицали возможность лицезрения Аллаха после смерти и заступничество в последней жизни, не считали человеческие деяния творениями Аллаха и т. д. Религиозно-политическая доктрина мутазилитов допускала насильственное свержение «нечестивой» власти, что сближало их с двумя другими течениями в исламе — шиитами и хариджитами.
Для обоснования своих взглядов, во многом противоречащих очевидному смыслу Корана, мутазилиты выступали против его буквального понимания и истолкования. Ссылаясь на существование в Коране ясных (муxкам) и неочевидных (муташāбих) текстов, они считали возможным истолкование вопреки очевидному смыслу тех аятов, которые не укладывались в их религиозную доктрину, из-за чего улемы относят их к «сторонникам скрытого смысла». Принципы мутазилитского вероучения были окончательно сформулированы в первой половине IХ в. благодаря усилиям иракского богослова Абу аль-Хузайля аль-‘Алляфа (ум. 850). Значительный вклад в рационалистическое истолкование Корана внёс кади ‘Абд аль-Джаббар, автор известного полемического трактата Танзих аль-Kур’āн ‘ан матā‘ин (Защита Корана от поношений). Написанный в форме ответов на вопросы, он содержит истолкование только тех аятов, очевидный смысл которых противоречит умозрительным доводам мутазилитов.
В несколько завуалированной форме мутазилитские идеи отражены в тафсире известного хорезмского богослова аз-Замахшари. Его комментарии заслужили высокую оценку многих улемов; они опираются на тонкий анализ лингвистических особенностей текста, отличаются простым и выразительным языком, не содержат недостоверных рассказов и параллелей с библейскими историями, подчёркивают стилистическое совершенство и неподражаемость священного текста. Вместе с тем автор неоднократно допускает высказывания, созвучные с мутазилитскими представлениями о том, что человеческие деяния сотворены самими людьми, о невозможности лицезрения Аллаха в последней жизни и т. д.
Большое внимание истолкованию скрытой стороны Корана уделяли и имамиты. Согласно имамитским представлениям, после кончины Пророка Мухаммада, мир ему и благословение Аллаха, ответственность за истолкование откровения легла на имамов-богоизбранных предводителей из рода Пророка, мир ему и благословение Аллаха. Имамиты полагают, что муcxаф ‘Али ибн Абу Талиба содержал не только священный текст, но и разъяснение его скрытого смысла, которому Мухаммад, мир ему и благословение Аллаха, обучил своих ближайших родственников; при составлении списка Абу Бакра сподвижники отбросили эти истолкования, но потомки Пророка сохранили их и передавали из поколения в поколение, пока муcxаф ‘Али не перешёл к «скрытому» имаму Мухаммаду ибн аль-Хасану по прозвищу Махди, т. е. «ведомый прямым путём». Перед наступлением конца света он выйдет из своего укрытия, явит людям муcxаф ‘Али и раскроет коранические тайны, относительно которых люди разошлись во мнениях. Особенность имамитских тафсиров в том, что многие аяты интерпретируются как скрытые указания на превосходство ‘Али и его потомков, а повеления повиноваться Всевышнему — как повеления признать верховную власть имамов из рода Пророка, мир ему и благословение Аллаха.
Поиском эзотерического смысла в Коране отмечено и творчество суфийских мыслителей Сахля ибн ‘Абдаллаха ат-Тустари (ум. 896), Абу аль-Касима аль-Кушайри (ум. 1072), Мухйи ад-Дина Ибн ‘Араби (ум. 1240), Низам ад-Дина ан-Найсабури (ум. 1446) и др. В сочинениях этих авторов, способствовавших укреплению рационалистских тенденций в мусульманской религиозной мысли и оказавших большое влияние на развитие арабской филологии, нередко встречаются толкования, никак не связанные с очевидным смыслом аятов. Например, Ибн ‘Араби в толковании 12-го аята суры «Сава» пишет, что под «ветром», который был подчинён Пророку Сулайману, подразумевается «практический разум, утвердившийся на троне нафса, что в груди».
Некоторые исследователи относят суфийские комментарии к разряду тафсиров, поскольку именно так классифицировали их сами авторы. По мнению других улемов, мистико-философские рассуждения суфиев, далёкие от мусульманского мировосприятия и основанные на «сугубо личных и порой трудноуловимых ассоциациях» (по А. Д. Кнышу), неправильно называть тафсиром. Безусловно, суфийские истолкования, особенно труды Ибн ‘Араби и Джамаль ад-Дина аль-Кашани (ум. 1330), оказали большое влияние на развитие логики и теории познания и остаются актуальными для мистико-философского познания окружающей реальности. Однако нельзя отрицать и тот факт, что нередко они выходят за рамки научных и теологических методов текстуального анализа.
Ещё большее место эзотерическому истолкованию Корана отводится в учениях «крайних» шиитов, фалaсифа (мыслителей, ориентировавшихся на античные формы философствования) и социально-религиозных движений хуррамитского типа. Именно их мусульманские доксографы называют собственно батынитами, потому что они, в отличие от мутазилитов или имамитов, вообще отрицают явный смысл откровений.
Главная особенность «крайних» шиитов — чрезмерное, порой переходящее в обожествление почитание ‘Али ибн Абу Талиба и его потомков. Их комментарии несут на себе отпечаток выраженной религиозно-политической направленности. Так, основатель секты мугиритов аль-Мугира ибн Са‘ид аль-‘Иджли (ум. 736) комментировал отказ гор взять на себя ответственность (сура 33 «Союзники», аят 72) как непризнание ‘Умаром ибн аль-Хаттабом прав ‘Али на халифат. Другой «крайний» шиит Абу Мансур аль-‘Иджли считал, что упомянутые в Коране «небеса» символизируют род Мухаммада, а «земля» — их приверженцев — шиитов. Религиозные запреты в Коране он интерпретировал как скрытые указания на имена людей, с которыми следует враждовать, а религиозные повеления — как указания на имена людей, которых обязательно любить.
Наиболее ярко эзотерические истолкования Корана проявляются в сочинениях исмаилитов; они апеллировали к скрытому смыслу откровения для обоснования не только своих политических притязаний и установленной внутри движения иерархии «посвящённых», но и особой космогонической теории, в которой были адаптированы идеалистические взгляды неоплатоников.
Особое место среди тафсиров занимают комментарии фалaсифа Абу Насра аль-Фараби (ум. 950), Абу ‘Али Ибн Сины (ум. 1037), Абу аль-Валида Ибн Рушда (ум. 1198). Питая искреннюю любовь к философствованию, эти авторы стремились подвести понимание сакрального текста под идеи Платона, Аристотеля и других античных мыслителей, причём на востоке мусульманского мира попытки устранить явные противоречия между религией и философией были более последовательными.
Например, согласно Ибн Сине, под небесным «троном» (сура 69 «Неминуемое», аят 17) подразумевается девятая сфера, а под несущими его восемью ангелами — восемь низших сфер. Прибегая к аллегорическому истолкованию аята, он словно пытается освятить представления античных философов о гомоцентрических сферах авторитетом священной книги. В комментарии к «аяту света» (сура 24 «Свет», аят 35) Ибн Сина пишет, что под «небесами и землёй» подразумевается целое, под «нишей» — теоретический разум, под «лампадой» — практический разум, под «благодатным оливковым деревом» — мыслительная способность и т. д. Как видим, в этом толковании совмещаются представления Платона о целом и учение Аристотеля о видах разума. И хотя фалaсифа формально признавали основные положения ислама, их воззрения во многом противоречили традиционным представлениям об Аллахе, бытии и душе. Несмотря на это, метафизические и космогонические взгляды фалaсифа получили дальнейшее развитие в ряде суфийских учений.
Таким образом, толкование скрытого смысла в Коране в значительной степени отражало идейную борьбу внутри мусульманского мира. Приверженцы калāма опирались на умозрительные доводы для истолкования аятов, не совпадавших с их рациональными посылками. Суфийские шейхи прибегали к мистическому опыту для символико-аллегорического толкования откровений в свете их представлений о мироздании, о духовном пути мистика и т. д. Фалaсифа интерпретировали коранический текст, отталкиваясь от античной философской традиции. Различные шиитские течения апеллировали к эзотерическому смыслу аятов для обоснования своих политических претензий. Наконец, традиционалисты подразумевали под скрытым смыслом расширенное, углублённое понимание священного текста, которое открывается учёному после всестороннего ознакомления с его явным смыслом.